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기업 부설연구소 임직원 쟁점인건비 경정청구 거부처분 취소결정

조세심판원은 청구법인 부설연구소의 설계팀이 고객사가 제시한 조건에 부합한 시제품의 설계를 위하여 연구팀의 보유한 것과 구별되는 구조 등 설계기술에 관한 연구개발 활동을 한 것으로 보인다고 판단했다. 따라서 심판원은 그 소속 임직원에게 지출한 쟁점인건비는 연구·인력개발비 세액공제의 대상에 해당하므로 처분청이 쟁점인건비를 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 아닌 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라는 심판결정례를 내놓았다.    

  
처분개요를 보면 2001.2.22. 설립되어 반도체 등 집적회로 검사장비(테스트소켓) 등의 제조업을 영위하고 있고, 2015~2017사업연도에 지출한 부설연구소 소속 임직원의 인건비 합계 000원(쟁점인건비)중 일부 (연구팀분 000원)에 대해서만 조세특례제한법 제10조에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제(연구·인력개발비 세액공제)를 적용하여 각 사업연도의 법인세 신고를 하였다가, 2018.12.13. 그 나머지에 대해서도 동일한 세액공제를 적용하여 2015~2017사업연도 법인세 합계 000원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.


그러나 처분청은 2019.7.19. 이 중 연구팀의 인건비분에 대해서만 연구 및 인력개발비 세액공제의 적용 및 같은 금액 상당의 법인세를 환급하고 설계팀의 쟁점인건비분인 합계 000원(2015사업연도분 000원, 2016사업연도분 000원, 2017사업연도분 000원)에 대해서는 그 적용·환급을 배제하였다(이 건 경정청구 중 일부 거부).


청구법인은 이에 불복하여 2019.9.26. 심판청구를 제기하였다.


청구법인의 설계팀은 고객의 발주에 선제적으로 대응하기 위하여 그 발주가 없더라도 연구 활동을 지속하고 있고 이를 통해 고객이 최소한의 조건으로 발주하더라도 선행연구의 결과를 적용하여 그 조건에 맞는 설계를 하는 점, 또 청구법인의 주요 사업인 반도체 등 검사장비의 연구· 설계는 적용대상 제품의 출시주기가 매우 짧아서 연구팀 뿐만 아니라 설계팀에서도 지속적인 연구개발 활동이 필요한 점 등을 감안할 때, 쟁점인건비는 연구개발 활동과 관련된 것으로 보아야 함에도 이를 행정사무 등에 지출된 것으로 보아 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 아니라는 이유로 이 건 경정청구의 일부를 거부한 처분은 위법·부당하다고 주장했다.


처분청은 청구법인의 설계팀이 연구팀의 연구결과를 기초로 하여 고객의 요구사항(조건)을 충족시키기 위해 시제품 제작을 위한 설계를 하고 있고, 이미 사업화된 기술을 기반으로 특정 고객의 만족도를 높이는 정도에 불과할 뿐, 기존제품·기술의 개발을 목적으로 하는 활동으로 보기는 어렵다고 판단했다.


또 처분청은 청구법인이 연구부문과 설계부문을 구분하여 직원을 모집한 점 등을 감안할 때 쟁점인건비는 연구개발 활동과 무관한 것으로 보아야 하므로 이를 행정사무 등에 지출된 것으로 보아 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 아니라는 이유로 이 건 경정청구의 일부를 거부한 처분은 적법·정당하다는 의견이다.


한편 조세심판원은 청구법인이 제출한 연구노트 및 개발완료보고서에 의하면 청구법인 부설연구소의 연구개발 활동 중에는 고객사로부터 소재의 개발 등 연구팀의 소관인 것과 더불어 그 개발된 소재의 부품이 적용된 구조의 설계 등 설계팀의 소관인 수주를 받아 이를 연구팀과 설계팀이 공동으로 수행한 것이 포함된 것으로 보임을 감안하면 연구팀만이 연구개발 활동을 한 것으로 단정하기 어렵다고 판단했다.


또 심판원은 청구법인이 부설연구소의 설계팀이 고객사가 제시한 조건에 부합한 시제품의 설계를 위하여 연구팀의 보유한 것과 구별되는 구조 등 설계기술에 관한 연구개발 활동을 한 것으로 보이고, 그 소속 임직원에게 지출한 쟁점연구비는 연구·인력개발비 세액공제의 대상에 해당한다는 판단이다.


이에 따라 심판원은 처분청이 쟁점인건비를 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 아닌 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 심리판단, 취소결정(조심 2019중3785, 2021.02.01.)을 내렸다.

 

세무사신문 제791호(2021.3.2.)

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